رحب المجلس الانتقالي الجنوبي بقرار وزارة الخارجية الأمريكية لتصنيف فرع تنظيم الإخوان المسلمين في السودان منظمة إرهابية، معتبرًا أن هذا القرار يلامس الأمن والاستقرار الدوليين. دعا المجلس الإدارة الأمريكية إلى اتخاذ خطوة مماثلة لتصنيف فرع التنظيم في اليمن منظمة إرهابية، مشيرًا إلى أن خطرهم يتجاوز اليمن ليهدد الأمن الإقليمي والمصالح الدولية.