أثارت تعديلات أجراها رئيس مجلس السيادة السوداني عبد الفتاح البرهان في هيكل الجيش ردود فعل واسعة، خاصةً بعد قرار إخضاع القوات المسانده العاملة مع القوات المسلحة لأحكام قانون الجيش. ورفضت الفصائل المسلحة الموقعة على اتفاق جوبا للسلام هذا القرار، معتبرةً أنه يهدف إلى إخضاع جميع القوات المسانده لسلطة الجيش المباشرة.
وأشار مسؤول في الحركات المسلحة إلى أن القرار يستهدف بشكل أساسي التشكيلات العسكرية التي ظهرت بعد اندلاع الحرب ولا تندرج ضمن اتفاق جوبا.
